「MT」とはManual Transmissionの略です。
車のスピードに合わせて手動でギアを変速させるタイプのトランスミッションのことです。
「MT」車の反対が「AT」車です。「AT」車はギアを自動で変えてくれるタイプのトランスミッションです。
「AT」車に比べて動作が多いので面倒ですが、運転が楽しくなります。なので運転好きの方に好まれています。
とはいえ、現在はほとんどの車が「AT」車になっており、「MT」車の販売はかなり少ないです。